MOPAC 7 for Linux

MOPAC7 for Linux は James J. P. Stewart さんによる半経験的分子軌道法プログラム MOPAC (1983- ) の Public Domain 版 MOPAC7 (1993) を Linux に移植したものです。

移植者: Istvan Cserny さん
入手先: ftp://esca.atomki.hu/mopac7/LINUX/
バージョン: 7.01-4 (2000/01/24)
ライセンス: Public Domain
付属ドキュメント README を読む

いつのまにか SourceForge に mopac7 プロジェクトが出来ていました。

MOPAC の歴史は長く、製品版は MOPAC93、MOPAC97、MOPAC 2000、2002 と現在も改良が行われています。MOPAC7 は MOPAC93 の直前のバージョンに対応するようです。そのほか Windows 版、Macintosh 版など様々なバージョンがあります。

使い方

インストールしたら、ターミナルから起動してみましょう。コマンドは mopac です。

$ mopac
No such file - .dat - exiting!!

おっと、入力データが必要なのでした。
サンプルおよびテスト用のデータが /usr/share/doc/mopac-7.01/tests/ にあります。テスト用のディレクトリを作って、データをコピーしてきましょう。

$ cp /usr/share/doc/mopac-7.01/tests/test_pol.dat .
$ cat test_pol.dat
    polar  SYMMETRY 
 Formaldehyde, for Demonstration Purposes
     
 O
 C 1.2 1
 H 1.1 1 120 1
 H 1.1 0 120 0 180 0 2 1 3

 3 1 4
 3 2 4

  0 1 1 0.001 500 150 0.001
$ mopac test_pol
Mopac job test_pol started
Mopac job test_pol has finished
$

これで計算結果 test_pol.out とサマリー test_pol.arc ができます。

MOPAC7 は、自身ではグラフィカルなインターフェースを持っていません。例えば Viewmol は MOPAC7 の計算結果をグラフィック表示できます。入力データを作るのにも使えます。

$ viewmol -mopac test_pol.out

インストール

LinuxMLD 5,6,7 用の RPM mopac-7.01-4_mlb1.i386.rpm (439,087 bytes) をインストールします。
rpm コマンドでインストールするにはスーパーユーザになって

# rpm -i mopac-7.01-4_mlb1.i386.rpm

とします。
MLD 5,6 では Gnome の GUI でインストールすることもできます。

その他

ドキュメントは、James J. P. Stewart さんによる TeX で書かれたマニュアルが ftp://esca.atomki.hu/mopac7/LINUX/ から入手できます。 mopac7-man.tar.gz を get してください。 mopac.dvi を直接 xdvi で開くか、dvips で Post Script に変換 (157 ページになります) します。このマニュアルの HTML 版は次のサイトなどで公開されています。

http://www.chm.tu-dresden.de/edv/mopac7/mirror/mopac.html

プログラム mopac (/usr/bin/mopac) は、実際のプログラム MOPAC7 を呼び出すためのシェルスクリプトです。必要に応じて修正してください。

MOPAC7 は fortran77 で書かれています。 Cserny さんの配布パッケージでは f2c でコンパイルするようになっていますが、 MLD では f2c は収録していないので g77 でコンパイルできるようメディアラボで修正を加えています。
なお、扱える原子数は、重原子(水素以外)数=60、水素原子数=60 に設定しています。メモリー(+swap) は 80M 程度必要です。

参考

Web 上の参考になるページを御紹介します。

MOPAC7 のインストール -- 杉野さん
SourceForge.net: mopac7 の mopac7-1.11 のインストールを紹介されています。
pc-chem.info (Desktop Chemistry on Windows PC.) -- s2k さん
Windows版ですが MOPAC の使い方、使用例の解説があります。

MOPAC2002 -- 製品版 MOPAC の情報 (富士通)
リンクを辿っていくと MOPAC 概論のページがあります。歴史や開発者、ハミルトニアンの評価 (MINDO/3, MNDO, AM1, PM3) などが解説されています。
WWW Computational Chemistry Resources -- 計算化学についてのリンク集