Open Babel は、分子モデリングの分野で用いられている様々なプログラムごとのファイル形式を、相互に変換するプログラムです。 Pat Waltersさん、Matt Stahlさんによる Babel の、オープンソース版です。
作者: Michael Banckさん、Geoff Hutchisonさん他
ホームページ :
http://openbabel.sourceforge.net/
バージョン: 1.100.2 (2004/02/22)
ライセンス: GPL
付属ドキュメント README、
FAQ
[2007/01/27]
すでにバージョン 2 がリリースされているようです。
おそらく以下の内容は古くて役に立ちません。
Open Babel の基本的な使い方はオリジナルの Babel とほとんど同じです。ただし、少なくとも現在のバージョンでは Babel の機能でまだ実装されていないものもあります。 サポートされていないファイル形式がいくつかあります (追加されている形式もあります) し、Babel での対話形式を指定するオプション -m は Open Babel にはありません。
基本的な使い方は
$ babel -i入力形式 入力ファイル名 -o出力形式 出力ファイル名
のように入力、出力のそれぞれの形式とファイル名を指定します。
babel -H でへルプが出ます。
$ babel -H
Open Babel 1.100.2 -- May 10 2004 -- 16:53:41
Usage: babel [-i<input-type>] <name> [-o<output-type>] <name>
Currently supported input types
alc -- Alchemy file
prep -- Amber PREP file
bs -- Ball & Stick file
caccrt -- Cacao Cartesian file
ccc -- CCC file
c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 file
c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 file
cml -- Chemical Markup Language file
crk2d -- CRK2D: Chemical Resource Kit 2D file
crk3d -- CRK3D: Chemical Resource Kit 3D file
box -- Dock 3.5 Box file
dmol -- DMol3 Coordinates file
feat -- Feature file
gam -- GAMESS Output file
gamout -- GAMESS Output file
gpr -- Ghemical Project file
mm1gp -- Ghemical MM file
qm1gp -- Ghemical QM file
hin -- HyperChem HIN file
jout -- Jaguar Output file
bin -- OpenEye Binary file
mmd -- MacroModel file
mmod -- MacroModel file
out -- MacroModel file
dat -- MacroModel file
car -- MSI Biosym/Insight II CAR file
sdf -- MDL Isis SDF file
sd -- MDL Isis SDF file
mdl -- MDL Molfile file
mol -- MDL Molfile file
mopcrt -- MOPAC Cartesian file
mopout -- MOPAC Output file
mmads -- MMADS file
mpqc -- MPQC file
bgf -- MSI BGF file
nwo -- NWChem Output file
pdb -- PDB file
ent -- PDB file
pqs -- PQS file
qcout -- Q-Chem Output file
res -- ShelX file
ins -- ShelX file
smi -- SMILES file
mol2 -- Sybyl Mol2 file
unixyz -- UniChem XYZ file
vmol -- ViewMol file
xyz -- XYZ file
Currently supported output types
alc -- Alchemy file
bs -- Ball & Stick file
caccrt -- Cacao Cartesian file
cacint -- Cacao Internal file
cache -- CAChe MolStruct file
c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 file
c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 file
ct -- ChemDraw Connection Table file
cht -- Chemtool file
cml -- Chemical Markup Language file
crk2d -- CRK2D: Chemical Resource Kit 2D file
crk3d -- CRK3D: Chemical Resource Kit 3D file
cssr -- CSD CSSR file
box -- Dock 3.5 Box file
dmol -- DMol3 Coordinates file
feat -- Feature file
fh -- Fenske-Hall Z-Matrix file
gamin -- GAMESS Input file
inp -- GAMESS Input file
gcart -- Gaussian Cartesian file
gau -- Gaussian Input file
gpr -- Ghemical Project file
gr96a -- GROMOS96 (A) file
gr96n -- GROMOS96 (nm) file
hin -- HyperChem HIN file
jin -- Jaguar Input file
bin -- OpenEye Binary file
mmd -- MacroModel file
mmod -- MacroModel file
out -- MacroModel file
dat -- MacroModel file
sdf -- MDL Isis SDF file
sd -- MDL Isis SDF file
mdl -- MDL Molfile file
mol -- MDL Molfile file
mopcrt -- MOPAC Cartesian file
mmads -- MMADS file
bgf -- MSI BGF file
csr -- MSI Quanta CSR file
nw -- NWChem Input file
pdb -- PDB file
ent -- PDB file
pov -- POV-Ray Output file
pqs -- PQS file
report -- Report file
qcin -- Q-Chem Input file
smi -- SMILES file
fix -- SMILES Fix file
mol2 -- Sybyl Mol2 file
txyz -- Tinker XYZ file
txt -- Titles file
unixyz -- UniChem XYZ file
vmol -- ViewMol file
xed -- XED file
xyz -- XYZ file
zin -- ZINDO Input file
Additional options :
-f <#> Start import at molecule # specified
-l <#> End import at molecule # specified
-d Delete Hydrogens
-h Add Hydrogens
-hpH Add Hydrogens appropriate for pH (use transforms in phmodel.txt)
-c Center Coordinates
-x[flags] XML.CML options (e.g. -x1ac)
1 output CML V1.0 (default)
2 output CML V2.0 (Schema)
a output array format for atoms and bonds (default <atom>)
p prettyprint output (not implemented)
n output namespace (default no namespace)
c use 'cml' as output namespace prefix (else default) (forces n)
d output DOCTYPE (default none)
g debug output
v add XML version (declaration)
Report Bugs to <openbabel-discuss@lists.sourceforge.net>.
LinuxMLD 7 では
openbabel-1.100.2-1_mlb2.i386.rpm (621,188 bytes)
をインストールします。
rpm コマンドでインストールするにはスーパーユーザになって
# rpm -i openbabel-1.100.2-1_mlb2.i386.rpm
とします。
MLD 5,6 では
openbabel-1.100.2-1_mlb1.i386.rpm (824,597 bytes)
をインストールしてください。
MLD 5,6 では
Gnome の GUI でインストールすることもできます。
Open Babel の C++ ライブラリを利用するアプリケーションの開発を行いたい場合は
もインストールしてください (include ファイルと static ライブラリです)。
Web 上の参考になるページを御紹介します。