Open Babel

Open Babel は、分子モデリングの分野で用いられている様々なプログラムごとのファイル形式を、相互に変換するプログラムです。 Pat Waltersさん、Matt Stahlさんによる Babel の、オープンソース版です。

作者: Michael Banckさん、Geoff Hutchisonさん他
ホームページ : http://openbabel.sourceforge.net/
バージョン: 1.100.2 (2004/02/22)
ライセンス: GPL
付属ドキュメント READMEFAQ

[2007/01/27]
すでにバージョン 2 がリリースされているようです。 おそらく以下の内容は古くて役に立ちません。

Open Babel の基本的な使い方はオリジナルの Babel とほとんど同じです。ただし、少なくとも現在のバージョンでは Babel の機能でまだ実装されていないものもあります。 サポートされていないファイル形式がいくつかあります (追加されている形式もあります) し、Babel での対話形式を指定するオプション -m は Open Babel にはありません。

使い方

基本的な使い方は

$ babel -i入力形式 入力ファイル名 -o出力形式 出力ファイル名

のように入力、出力のそれぞれの形式とファイル名を指定します。

babel -H でへルプが出ます。

$ babel -H

Open Babel 1.100.2 -- May 10 2004 -- 16:53:41
Usage: babel [-i<input-type>] <name> [-o<output-type>] <name>

Currently supported input types
        alc -- Alchemy file
        prep -- Amber PREP file
        bs -- Ball & Stick file
        caccrt -- Cacao Cartesian file
        ccc -- CCC file
        c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 file
        c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 file
        cml -- Chemical Markup Language file
        crk2d -- CRK2D: Chemical Resource Kit 2D file
        crk3d -- CRK3D: Chemical Resource Kit 3D file
        box -- Dock 3.5 Box file
        dmol -- DMol3 Coordinates file
        feat -- Feature file
        gam -- GAMESS Output file
        gamout -- GAMESS Output file
        gpr -- Ghemical Project file
        mm1gp -- Ghemical MM file
        qm1gp -- Ghemical QM file
        hin -- HyperChem HIN file
        jout -- Jaguar Output file
        bin -- OpenEye Binary file
        mmd -- MacroModel file
        mmod -- MacroModel file
        out -- MacroModel file
        dat -- MacroModel file
        car -- MSI Biosym/Insight II CAR file
        sdf -- MDL Isis SDF file
        sd -- MDL Isis SDF file
        mdl -- MDL Molfile file
        mol -- MDL Molfile file
        mopcrt -- MOPAC Cartesian file
        mopout -- MOPAC Output file
        mmads -- MMADS file
        mpqc -- MPQC file
        bgf -- MSI BGF file
        nwo -- NWChem Output file
        pdb -- PDB file
        ent -- PDB file
        pqs -- PQS file
        qcout -- Q-Chem Output file
        res -- ShelX file
        ins -- ShelX file
        smi -- SMILES file
        mol2 -- Sybyl Mol2 file
        unixyz -- UniChem XYZ file
        vmol -- ViewMol file
        xyz -- XYZ file

Currently supported output types
        alc -- Alchemy file
        bs -- Ball & Stick file
        caccrt -- Cacao Cartesian file
        cacint -- Cacao Internal file
        cache -- CAChe MolStruct file
        c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 file
        c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 file
        ct -- ChemDraw Connection Table file
        cht -- Chemtool file
        cml -- Chemical Markup Language file
        crk2d -- CRK2D: Chemical Resource Kit 2D file
        crk3d -- CRK3D: Chemical Resource Kit 3D file
        cssr -- CSD CSSR file
        box -- Dock 3.5 Box file
        dmol -- DMol3 Coordinates file
        feat -- Feature file
        fh -- Fenske-Hall Z-Matrix file
        gamin -- GAMESS Input file
        inp -- GAMESS Input file
        gcart -- Gaussian Cartesian file
        gau -- Gaussian Input file
        gpr -- Ghemical Project file
        gr96a -- GROMOS96 (A) file
        gr96n -- GROMOS96 (nm) file
        hin -- HyperChem HIN file
        jin -- Jaguar Input file
        bin -- OpenEye Binary file
        mmd -- MacroModel file
        mmod -- MacroModel file
        out -- MacroModel file
        dat -- MacroModel file
        sdf -- MDL Isis SDF file
        sd -- MDL Isis SDF file
        mdl -- MDL Molfile file
        mol -- MDL Molfile file
        mopcrt -- MOPAC Cartesian file
        mmads -- MMADS file
        bgf -- MSI BGF file
        csr -- MSI Quanta CSR file
        nw -- NWChem Input file
        pdb -- PDB file
        ent -- PDB file
        pov -- POV-Ray Output file
        pqs -- PQS file
        report -- Report file
        qcin -- Q-Chem Input file
        smi -- SMILES file
        fix -- SMILES Fix file
        mol2 -- Sybyl Mol2 file
        txyz -- Tinker XYZ file
        txt -- Titles file
        unixyz -- UniChem XYZ file
        vmol -- ViewMol file
        xed -- XED file
        xyz -- XYZ file
        zin -- ZINDO Input file
Additional options : 
 -f <#> Start import at molecule # specified 
 -l <#> End import at molecule # specified 
 -d Delete Hydrogens 
 -h Add Hydrogens 
 -hpH Add Hydrogens appropriate for pH (use transforms in phmodel.txt) 
 -c Center Coordinates 
 -x[flags] XML.CML options (e.g. -x1ac)  
   1 output CML V1.0 (default)
   2 output CML V2.0 (Schema)
   a output array format for atoms and bonds (default <atom>)
   p prettyprint output (not implemented)
   n output namespace (default no namespace)
   c use 'cml' as output namespace prefix (else default) (forces n)
   d output DOCTYPE (default none)
   g debug output
   v add XML version (declaration)

Report Bugs to <openbabel-discuss@lists.sourceforge.net>.

インストール

LinuxMLD 7 では openbabel-1.100.2-1_mlb2.i386.rpm (621,188 bytes) をインストールします。
rpm コマンドでインストールするにはスーパーユーザになって

# rpm -i openbabel-1.100.2-1_mlb2.i386.rpm

とします。

MLD 5,6 では openbabel-1.100.2-1_mlb1.i386.rpm (824,597 bytes) をインストールしてください。
MLD 5,6 では Gnome の GUI でインストールすることもできます。

Open Babel の C++ ライブラリを利用するアプリケーションの開発を行いたい場合は

もインストールしてください (include ファイルと static ライブラリです)。

パッケージの更新履歴

[2004/05/10] 1.100.2 にアップデート
大幅なバグフィックスが行われたようで、いくつか試した限りでは 1.100.1 では異常終了してしまうデータが処理できるようになったようです。

なお、1.100.1 の RPM パッケージは openbabel (アプリケーション) と openbabel-libs (ライブラリと include ファイル) に分けていましたが、1.100.2 では に分けています。 1.100.1 からアップデートする場合はご注意ください。openbabel パッケージをアップデート (rpm -U) すると古い openbabel-libs はアンインストールされます。

参考

Web 上の参考になるページを御紹介します。

[2003/11/01 作成] [2004/05/10 更新]


このページに関する御意見、御要望を science@mlb.co.jp までお寄せ下さい
Copyright © 2003-2005 Media Lab. All Rights Reserved.